ついに人類はミュータントの能力を無効化する抗体を開発した。これに反発したミュータントたちをマグニートーが率い、人間との戦いを始めてしまう。争いを収める為、人間に味方するＸ−ＭＥＮたちであったが、思わぬ敵が立ちはだかる。

人間とミュータントとの共存という、前2作をとおして描かれてきたテーマはクライマックスを迎える。今回のストーリーでは、キュアとよばれる治療法を人類は手に入れた。これにより、ミュータントの存在意義が揺らぐことにもなる。そして話は唐突かもしれないが、前作で死んだはず（？）のジーンが生還することに。彼女の真の姿、力があきらかになるという。そう、これまで控えめな役回りの彼女がストーリーの鍵を握ることになる。そのあたり、前作からも予感させるシーンが見受けられ、３部作を通してのつながりもよくわかるので、あらためて観直しても面白い。

今回の見どころは、やはり最後というところでミュータント総登場の戦闘シーンだろう。それぞれ個性のある活躍は見ているだけで楽しめるものだ。さらに、人間にも対抗する武器がある。キュアを兵器として使っているのだ。それでは最初から戦闘を想定していたことになるのだから、人間に反発するマグニートーにも同情はできそうだ。

そもそも、ミュータントとは病気なのか？それとも人類の進化なのか？その能力や外見から、人間社会から拒絶されてきたミュータントにとってキュアは画期的な治療である。しかし、チャールズたちが言う、能力を社会の為に役立てるという理想はどうなるのか。ときに、その能力が人類にとっての脅威であるのも確かだろう。能力を自己のために使うならば人間にとって危険な存在になりうる。しかし、人類が創り出す新技術も同じことではないだろうか。キュアがミュータントの治療にも撲滅する手段にもなりうるのだから、ミュータントにとっては危険な存在である。その力は制御されなければ単なる暴力、すべてを壊しかねない。これによって両者は対等の立場になったともいえるのだが、手に入れた力をどう使うかは持つ者にゆだねられるのではなかろうか。

もっとも、人間とミュータントとの対立という二者択一の構図はさまざまに比喩できるのだろう。この物語が終わらないように永遠のテーマかもしれない。